Departamento de Investigación en Genómica y Proteómica
Epidemiología molecular de Agentes infecciosos.
Alexander Augusto Martínez Caballero
Investigador
Contacto
Departamento: Genómica y Proteómica
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Nuestro grupo está interesado en comprender los patrones de dispersión observados en agentes infecciosos conocidos y nuevos en Panamá, para esto utilizamos métodos de biología molecular para estudiar genes completos o genomas completos de los agentes infecciosos de interés. Contamos con metodologías de secuenciación de primera, segunda y tercera generación lo que nos permite explorar las variantes observadas en los patógenos de interés y de esta forma evaluar su posible asociación con lugares geográficos, grupos étnicos o conductuales, y así identificar posibles blancos efectivos para el control epidemiológico de estas infecciones.
Análisis de los patrones de distribución de las Hepatitis Virales en Panamá y la región mesoamericana.
Las infecciones causadas por Hepatitis Virales, causan alrededor de un millón de muertes a nivel mundial, y se estima que alrededor de 300 millones de personas están infectadas de manera crónica con estos dos virus. Adicionalmente, la co-infección del VIH con el VHB y/o con el VHC en un sujeto empeora el pronóstico clínico de estos pacientes, ya que ambos virus influyen de manera conjunta sobre el individuo, afectándolo tanto a nivel inmunológico en el VIH, como a nivel hepático en el VHB y VHC.
En esta línea de investigación hemos descrito los patrones de distribución de los diferentes genotipos de VHB en diferentes grupos de población y regiones del país, lo que nos ha permitido describir nuevas variantes de VHB circulantes.
Investigación de los determinantes genéticos de la incidencia de la infección del VIH en Panamá
Esta línea de investigación buscamos evaluar cómo influyen 1) los factores genéticos del humano asociados a la infección por el VIH, 2) los cambios a nivel molecular de este virus que permiten su escape al sistema inmune y la resistencia a drogas antiretrovirales y 3) el estudio de la evolución del virus en nuestra población, utilizando técnicas de biología molecular y modelos matemáticos aplicados a través de bioinformática.
Con esta linea de investigación buscamos lograr un abordaje integral al paciente con VIH y evitará el uso o cambio inapropiado de esquemas terapéuticos. Logrando impactar de forma positiva en la evolución natural de la infección por VIH en la población.
Análisis genómico de virus emergentes en Panamá.
En esta línea de investigación nos estamos enfocando inicialmente en el virus del Zika, aquí estamos interesados en evaluar el patrón de circulación del Virus del Zika desde su introducción en Panamá. De esta forma evaluar las variantes observadas y estimar si hay establecimiento de una cepa del virus particular en Panamá. En este proyecto se ha implementado una metodología de secuenciación del genoma completo Virus del Zika a través de sistema de secuenciación de tercera generación conocido como Minion Nanopore.
Sero-prevalencia y análisis genómico del Virus Linfotrópico Humano 1 y 2 (HTLV 1 y 2) en Panamá.
Esta línea de investigación buscamos determinar el nivel de seroprevalencia de HTLV en sujetos de diferentes regiones del país. El HTLV-1 fue reconocido como agente etiológico de afecciones hematológicas y neurológicas como el Linfoma/Leucemia de las células T del adulto (ATLLL) y la Paraparesis Espástica Tropical/Mielopatía asociada a HLTV-1 (HAM/TSP). El HTLV-2 no ha sido descrito como agente etiológico de alguna enfermedad pero ha sido relacionado con algunas. En Panamá la información epidemiológica sobre el HTLV-1/2 data de la década de los años 80 y finales de los 90. La seroprevalencia del virus descrita a lo largo de la República es de 0.2–2.0%, siendo la población de indios Guaymí (actualmente llamados Ngöbe) quienes presentan la prevalencia más alta con un 9.9%. En esta línea de investigación tenemos como objetivo actualizar la información de prevalencia de HTLV 1-2 encontrada en Panamá y describir las variantes de ambos virus encontradas en la población del País.
Publicaciones Relevantes
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Nombre |
Posición |
Contacto |
Claudia González TM |
Investigador en formación Secuenciación | [email protected] |
Juan Castillo M. TM, MSc |
Investigador en formación/Secuenciación | [email protected] |
Alma Y. Ortiz R. TM |
Investigador en formación / Colaborador | [email protected] |
Amanda Gabster BSc, MSc |
Supervisor de Laboratorio | [email protected] |